全基因组关联分析（Genome-wide association studies）又称连锁不平衡作图（Linkage disequilibrium mapping）或关联作图（Association mapping），以连锁不平衡为基础，通过分子标记和性状表型进行相关性分析来鉴定与目标性状紧密关联的标记或候选基因。利用RAD或GBS技术对某物种群体进行测序和全基因组关联分析，与全基因组重测序相比，只获得均匀分布于基因组的酶切位点附近的序列信息，降低了基因组的复杂程度和成本，尤其适合物种基因组大、样本量大的研究项目。此外，基于RAD或GBS技术的GWAS不受参考基因组的限制，可开发无参考基因组物种性状相关的分子标记，为后期的育种工作奠定基础。
首先，对每个样品中的RAD-tag进行比对归类，按照每类tag的深度信息由大到小进行排序，得到每个个体的RAD-tag频数表。
然后，每个样品的RAD-tag内部进行比对得到样品内部的杂合位点信息。
接着，不同样品之间的RAD-tag进行互相的比对，寻找个体之间单碱基差异信息。
最后，综合考虑每个个体RAD-tag的频数表信息和比对信息，过滤掉可能来自重复区域的结果，从而得到高可信度的群体SNP标记基因分型结果。
| GBS | ddRAD |
DNA总量 | ≧1ug | ≧1ug |
支持内切酶种类 |
ApekI, EcoRI, PstI | EcoRI, PstI, NlaIII组合 |
测序深度 | 基因组> 0.5x | 基因组> 0.25x |
周期 | 30个工作日，个性化分析需要根据实际情况而定 |
适用研究材料 | 所有作图群体、自然群体或者BSA极端混池样品 |
| 样本选择 | 无明显亚群分化的自然群体，个体数不少于200个 |
| DNA样本量 | 总量≥0.5 μg，浓度≥10 ng/μl（单个样本）； |
| 纯度 | OD260/280:1.8-2.0 |
发表时间
| 文章标题
| 杂志名
| 影响因子
| 合作单位
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2022 | An ARF1-binding factor triggering programmed cell death and periderm development in pear russet fruit skin.
| Horticulture Research
| 6.793
| 浙江省农业科学院 |
2022 | Genome-wide SNPs reveal the fine-scale population structure of Laodelphax striatellus in China using double-digest restriction site-associated DNA sequencing.
| Genomics | 6.2
| 沈阳农业大学
|
2022 | Dissecting Genetic Basis of Deep Rooting in Dongxiang Wild Rice.
| Rice Science
| 4.412 | 华中农业大学 |
2021 | Identifification and Validation of a Core Single-Nucleotide Polymorphism Marker Set for Genetic Diversity Assessment,Fingerprinting Identifification, and Core Collection Development in Bottle Gourd.
| Frontiers in Plant Science
| 5.754
| 浙江省农科院 |
2021 | Genetic evidence of transoceanic migration of the small brown planthopper between China and Japan.
| Pest Manag Sci
| 4.854
| 南京农业大学 |
2021 | Unraveling the Genetic Architecture of Two Complex, Stomata-Related Drought-Responsive Traits by High-Throughput Physiological Phenotyping and GWAS in Cowpea (Vigna. Unguiculata L. Walp).
| Front Genet | 4.599
| 浙江农业科学院
|
2021 | Construction of high-density linkage maps and QTL mapping for growth-related traits in F1 hybrid Yunlong grouper
| Aquaculture
| 4.242
| 中国水产科学研究院
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