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产品介绍

宏基因组(metagenome是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象,不需对微生物进行分离培养,而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前,第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点,加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落,挖掘更多基因资源方面的应用。



分析流程

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技术参数


实验策略

测序量

项目周期

400bp左右小片段文库

常规 10G-20G raw data

50个工作日



技术特色

  • 不依赖于微生物的分离培养,克服了传统的纯培养方法的技术限制,为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略;

  • 可以得到环境中丰度较低的,为研究低丰度微生物提供了途径;

  • 引入了宏观生态的研究理念,对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究,可以更准确地反应出微生物生存的真实状态

  • 11项目服务,直接对接生信分析师,没有中间环节,沟通更高效

  • 多组学关联分析,可关联代谢组等研究结果,全方面深化研究。


送样要求


样品类型

送样要求

保存及运输

常规土壤

采样时应去除地表杂质,根据需要挖取相应深度(如 5~20 cm)的土壤,置于冰上运至实验室。去除可见杂质,建议过2 mm 无菌筛网。同一样方多点样本等量混合均匀后取 5~10 g,保存无菌 EP 管中。

样本-80℃或液氮中长期保存,干冰运输
根际土壤

矮小植物:收集植物植株,去除根部大块土壤;摇动植株去除松散土壤,使用无菌刷子收集根部附着紧密的土壤;同一样方多点样本等量混合均匀,过2mm筛后,分装至2mL或更大体积的EP管或冻存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保证送样量在1~2g

高大林木:采集地面下10-20cm根际土壤,置于冰上运至实验室。去除可见杂质,建议过2-5 mm 无菌筛网。同一样方多点样本等量混合均匀后取 5~10 g,保存无菌 EP 管中。

水体

采样后进行滤膜过滤,选择合适孔径的滤膜,对于澄清水体或者略浑浊水体,选用0.22μm 或者 0.45μm 的滤膜,取样体积大于 5L;对于浑浊水体,建议先用3-4cm 滤膜过滤一遍,再用小孔径的滤膜过滤;送样量:滤膜 1-2 张;水体泥样的采集提供大于 5g 样本。

活性污泥
地表沉积物

活性污泥:从活性污泥装置中取大于 10 ml 的悬浮污泥样本(约 5-10 g 沉降物),保存无菌 EP 管中,放入液氮或置于冰上,立即运至实验室。若液态污泥样本沉降物较少,可适当增加取样量。

水体/地表沉积物:取距离水底/地表 0-10 cm(具体按实验需要而定)的沉积物 5~10 g,保存无菌取样袋或EP 管中,置于冰上运送至实验室。

空气

使用空气抽滤机,使空气通过 0.22 μm 滤膜,滤膜上有可见覆盖物(过滤时间越长,收集的空气中的灰尘越多,菌数量越多),收集完成后取下滤膜。滤膜置于冻存管中,液氮速冻,干冰寄送到实验室。

粪便

无菌牙签或用无菌勺挖取粪便中段没有接触空气和地面的部分,挖取一满勺(3-5 g)。小鼠至少 3-5 粒粪便。将已取的粪便样品分装至2mL EP管(无菌)或冻存管(无菌)中,每管粪便量为0.5~2g,每个样品分装2~3管备份。

肠道内容物

在实验对象死亡后,无菌条件下,取出整个肠道,用无菌解剖刀切取所需肠段的,用无菌手术刀挖取内容物 ,立即放在冰上进行分装并标记,分装至2mL EP管(无菌)或冻存管(无菌)中,每管组织量为0.5~2g,每个样品分装2~3管备份



分析示例

宏基因组测序.png



部分太阳成集团tyc122cc客户文章


发表时间

文章标题

杂志名

影响因子

合作单位

2022

Metagenomic insights   into the microbe-mediated B and K2 vitamin biosynthesis in the gastrointestinal microbiome of ruminants

Microbiome

16.837

南京农业大学

2022

Long-term efect of epigenetic modifcation in plant–microbe interactions: modifcation of DNA methylation induced by plant growth promoting bacteria mediates promotion process

Microbiome

14.65

南京农业大学

2022

Dietary selection of metabolically distinct microorganisms drives hydrogen metabolism in ruminants

ISME

11.217

中国科学院

2022

Carboxylesterases from bacterial enrichment culture degrade strobilurin fungicides

Science of The Total Environment

10.753

北京科技大学

2022

The neglected effects of polysaccharide transformation on sludge humification during anaerobic digestion with thermal hydrolysis pretreatment

Water Research

9.13

同济大学

2022

Different Characteristics in Gut Microbiome between Advanced Adenoma Patients and Colorectal Cancer Patients by Metagenomic Analysis

Microbiology Spectrum

9.043

浙江省大学医学院第二附属医院

2022

Improved Assembly of Metagenome-Assembled Genomes and Viruses in Tibetan Saline Lake Sediment by HiFi Metagenomic Sequencing

Microbiology Spectrum

9.043

中国科学院

2022

Reduction of Redox Potential Exerts a Key Role in Modulating Gut Microbial Taxa and Function by Dietary Supplementation of Pectin in a Pig Model

Microbiology Spectrum

9.043

南京农业大学

2022

Role of nitrogen transport for efficient energy conversion potential in low carbon and high nitrogen/phosphorus wastewater by microalgal-bacterial system

Bioresource Technology

7.539

河海大学

2022

Performance and mechanism of simultaneous nitrification-denitrification and denitrifying phosphorus removal in long-term moving bed biofilm reactor (MBBR)

Bioresource Technology

7.539

安徽农业大学

2022

Proteomics and metagenomics reveal the relationship between microbial metabolism and protein hydrolysis in dried fermented grass carp using a lactic acid bacteria starter culture

Current Research in Food Science

6.269

浙江农业科学院

2022

Metagenomic and Metabolomic Insights Into the Mechanism Underlying the Disparity in Milk Yield of Holstein Cows

Frontiers in Microbiology

6.064

南京农业大学

2022

Mechanisms of allicin exposure for the sludge fermentation enhancement: Focusing on the fermentation processes and microbial metabolic traits

Journal of Environmental Sciences

5.565

同济大学,河海大学

2021

Metagenomic approach reveals the fates and mechanisms of antibiotic resistance genes exposed to allicins during waste activated sludge fermentation: Insight of the microbial community, cellular status and gene regulation

Bioresource Technology

9.642

华东师范大学

2021

Effects of persulfate treatment on the fates of antibiotic resistance genes in waste activated sludge fermentation process and the underlying mechanism

Bioresource Technology

9.642

华东师范大学

2021

Disease-Associated Gut Microbiota Reduces the Profile of Secondary Bile Acids in Pediatric Nonalcoholic Fatty Liver Disease

Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

5.293

温州医科大学附属第二医院

电 话:021-31021022

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太阳成集团(tyc122cc·中国VIP)官网-GREENMAX(简称“太阳成集团tyc122cc”)成立于2014年底,是一家从事生物科学研究技术服务的高科技公司,专注于二代高通量测序及三代单分子测序技术在科研、农业发展及人类健康领域的研究和应用。

公司成立至今,凭借IlluminaPacBio公司的二代及三代测序平台开展基因组学测序及生信分析服务,销售网络遍布全国,甚至为美国、德国、英国、日本、新加坡、马来西亚、也门等地的国际客户实现了跨国服务。秉持“以客户需求为本、为客户创造价值”的服务宗旨,以高品质、高效率的特色技术服务,获得科研用户的广泛赞誉,合作伙伴遍及全球。


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